Trung Kỳ thời nhà Nguyễn độc lập thì tâm điểm là kinh thành Huế, tức phủ Thừa Thiên (承天) do triều đình trực tiếp quản lý. Năm tỉnh phía bắc Huế gọi là Hữu Kỳ:

1. Thanh Hóa (清化),
2. Nghệ An (乂安),
3. Hà Tĩnh (河靜),
4. Quảng Bình (廣平),
5. Quảng Trị (廣治)).

Và sáu tỉnh phía nam, gọi là Tả Kỳ gồm:

1. Quảng Nam (廣南),
2. Quảng Ngãi (廣義),
3. Bình Định (平定),
4. Phú Yên (富安),
5. Khánh Hòa (慶和), và
6. Bình Thuận (平順)).

Nhà Nguyễn đặt ra chức tổng đốc quản hạt từ 2 đến 3 tỉnh. Các tỉnh Trung Kỳ thường đặt dưới quyền quản hạt của 6 vị tổng đốc (thường là tổng đốc Thanh Hóa, tổng đốc An-Tĩnh (Nghệ An và Hà Tĩnh), tổng đốc Bình-Trị (Quảng Bình và Quảng Trị), tổng đốc Nam-Ngãi (Quảng Nam và Quảng Ngãi), tổng đốc Bình-Phú (Bình Định và Phú Yên), tổng đốc Thuận-Khánh (Bình Thuận và Khánh Hòa)), và 1 vị phủ doãn phủ Thừa Thiên. Đứng đầu mỗi tỉnh Trung Kỳ, cũng giống toàn bộ 30 tỉnh trong cả nước (trừ phủ Thừa Thiên), đều là một viên quan tuần phủ. Cương vực Trung Kỳ thời nhà Nguyễn bao gồm cả những phần đất nay thuộc về lãnh thổ Lào (là những vùng đất thuộc địa giới các tỉnh bắc Trung Kỳ từ Thanh Hóa đến Quảng Trị) và 2 quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa (chưa phân biệt rõ ràng và trực thuộc tỉnh Quảng Ngãi). Nhưng Trung Kỳ không bao gồm Tây Nguyên. Đà Nẵng và Ninh Thuận ngày nay, vào thời nhà Nguyễn đã nằm trong Trung Kỳ nhưng thuộc địa giới của 2 tỉnh Quảng Nam và Bình Thuận (Đà Nẵng thuộc Quảng Nam, Ninh Thuận thuộc Bình Thuận). Trừ 3 tỉnh bắc Trung Kỳ là Thanh Hóa, Nghệ An và Hà Tĩnh (là đất của người Việt cổ), thì phần lớn còn lại của Trung Kỳ (từ đèo Ngang đến hết Bình Thuận) từng là đất đai của vương quốc Chăm Pa.

Theo hiệp ước Harmand ký ngày 25 tháng 8 năm 1883 thì Trung Kỳ (tiếng Pháp gọi là Annam) kéo dài từ địa giới phía bắc tỉnh Bình Thuận đến Đèo Ngang (tức là tách 3 tỉnh Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh ở phía bắc và tỉnh Bình Thuận ở phía nam ra khỏi Trung Kỳ (An Nam)). Pháp đặt một viên Công sứ (Résident) tại Huế thay mặt cho chính quyền bảo hộ của Pháp tại Trung Kỳ. Hiệp ước Patenôtre ký ngày 6 tháng 6 năm 1884 quy định lại ranh giới Trung Kỳ: từ địa giới phía nam tỉnh Bình Thuận trở ra đến địa giới phía nam tỉnh Ninh Bình (như trước năm 1883). Thực dân Pháp đặt chức "Tổng Công sứ Trung – Bắc Kỳ" (Résident général de l'Annam et du Tonkin), gọi tắt là Tổng sứ,thay mặt cho chính phủ Pháp chủ trì mọi công việc đối ngoại của triều đình Việt Nam và thường được gọi là "Toàn quyền lưỡng kỳ" hoặc "Toàn quyền Trung – Bắc Kỳ". Chức Tổng sứ bị bãi bỏ năm 1889, Khâm sứ Trung Kỳ đảm nhiệm các công việc cho chính phủ Pháp bên cạnh Nam triều.